プライベート用にGitHubアカウントを持っていて、仕事用にもGitHubアカウントを作っている方も多いと思います。
私も同じ状況で使っています。
リモートリポジトリのURLをHTTPSで使っていると、すべてが同じhttps://github.com/から始まるので、認証情報が被ってしまって、いちいち資格情報マネージャーで削除しなくてはならないと思っていました。
しかしそうではないことが遅ればせながら理解できました。
グローバルではよく使うアカウントを設定します。
git config --global --list
user.email=myname@example.jp user.name=MyNAME credential.helper=manager
そして、その他のリポジトリではローカルの設定をします。
user.email=my_worker_name@example.com user.name=名前（所属） credential.helper=manager credential.namespace=git-work
git config --local credential.namespace git-work
みたいな感じで設定します。
そうすると cmdkey /list:git* で確認すると、
ターゲット: git:https://github.comターゲット: git-work:https://github.com
ができていることが確認できると思います。
このように credential.namespace を設定することで、ターゲットが変わるため、違うアカウントを保存できるわけです。
もしできない方は、gitをアップデートするか再インストールして、Git Credential Managerを利用するようにしてみてください。
